孕酮是由卵巢黄体分泌的一种天然孕激素，怀孕40天孕酮16ng/ml是否能保住胎儿，需要根据自身和胎儿的情况来判断，如果情况较好，积极治疗后，一般能保住胎儿；如果情况较差，可能不能保住胎儿。具体分析如下：

1.能保住胎儿：孕妇在怀孕后孕酮一般大于25ng/ml，而怀孕40天孕酮16ng/ml，说明孕酮偏低，如果没有出现其他不适症状，建议孕妇在医生的指导下服用地屈孕酮片、黄体酮胶囊、孕康口服液等药物进行治疗，平时多注意休息，积极治疗后，一般是能保住胎儿的。

2.不能保住胎儿：如果怀孕40天孕酮16ng/ml，并且孕妇还出现了不规律性的流血、下腹部疼痛等先兆流产的症状，在不及时治疗的情况下，可能会导致胚胎停止发育，往往不能保住胎儿，此时一般需要通过负压吸引术来终止妊娠。